Biologia strukturalna
Sylabus zajęć
Informacje podstawowe
|
Okres
Semestr 1
|
Forma zajęć / liczba godzin / forma zaliczenia
|
Liczba punktów ECTS
5.0
|
Cele kształcenia dla zajęć
Wymagania wstępne
BrakEfekty uczenia się dla zajęć
| Symbol EU dla zajęć/przedmiotu | Po zakończeniu zajęć i potwierdzeniu osiągnięcia EU student/ka: | Symbole EK dla kierunku studiów |
| Efekt_01 | Jest w stanie opisać jakimi zagadnieniami zajmuje się biologia strukturalna i potrafi omówić wybrane metody eksperymentalne biologii strukturalnej | |
| Efekt_02 | Zna podstawy fizyczne i chemiczne metod eksperymentalnych biologii strukturalnej | |
| Efekt_03 | Umie korzystać z podstawowych technik służących do charakteryzacji biomolekuł | |
| Efekt_04 | Potrafi omówić jakie informacje na temat struktury biomolekuł można otrzymać różnymi metodami eksperymentalnymi | |
| Efekt_05 | Potrafi wskazać zastosowanie bioinformatyki strukturalnej w analizie danych otrzymanych metodami eksperymentalnymi jak również umie wykorzystać dane eksperymentalne w procesie przewidywania struktur biomolekuł |
Treści programowe
| Lp. | Treści programowe dla zajęć/przedmiotu | Symbol EU dla zajęć/przedmiotu |
| 1. |
Historia i znaczenie biologii strukturalnej, wybrane przykłady osiągnięć biologii strukturalnej |
Efekt_01 |
| 2. |
Fizyczne podstawy metod eksperymentalnych stosowanych w biologii strukturalnej, fale i zjawiska falowe tj, interferencja, dyfrakcja, zasada dodawania fal, podstawy budowy atomu i wiązań chemicznych, wstęp do fizyki atomu (podstawy mechaniki kwantowej), oddziaływanie promieniowania z materią, techniki wytwarzania promieniowania rentgenowskiego |
Efekt_02 |
| 3. |
Krystalografia biomolekuł, metody krystalizacji białek i kwasów nukleinowych, opis zjawiska dyfrakcji i matematycznych podstaw wyznaczania gęstości elektronowej, problem fazowy i metody rozwiązywania struktury biomolekuł |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_04, Efekt_05 |
| 4. |
Badania biomolekuł w roztworze za pomocą metod rozproszeniowych, opis zjawiska rozpraszania promieniowania przez biomolekuły, kształt krzywej rozpraszania na kształt biomolekuł, badania białek i kwasów nukleinowych za pomocą metody SAXS i SANS |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_04, Efekt_05 |
| 5. |
Podstawy spektroskopii magnetycznego rezonansu jądrowego (NMR) i jego zastosowania do badania struktur i dynamiki biomolekuł, podstawy fizyczne zjawiska NMR, przygotowanie próbek do badań NMR, zastosowanie danych otrzymanych w eksperymencie NMR od modelowania białek |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_04, Efekt_05 |
| 6. |
Metody badania struktury i dynamiki pojedynczych cząsteczek |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_04, Efekt_05 |
| 7. |
Mikroskopia elektronowa, mikroskopia krioelektronowa, wyznaczanie struktury biomolekuł za pomocą mikroskopii elektronowej, kriotomografia elektronowa |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_05 |
| 8. |
Dynamiczne rozpraszanie światła, dyfuzja biomolekuł w roztworze, wyznaczanie współczynnika dyfuzji i masy molekularnej biomolekuł |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04 |
| 9. |
Spektroskopowe metody badań biomolekuł, fizyczne podstawy spektroskopii w podczerwieni, spektroskopii dichroizmu kołowego i innych metod spektroskopowych, zastosowanie metod spektroskopowych do wyznaczania struktury drugorzędowej biomolekuł |
Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04, Efekt_05, Efekt_01 |
Informacje dodatkowe
| Metody i formy prowadzenia zajęć | |
|---|---|
| Wykład z prezentacją multimedialną wybranych zagadnień | |
| Dyskusja | |
| Rozwiązywanie zadań (np.: obliczeniowych, artystycznych, praktycznych) | |
| Metoda ćwiczeniowa | |
| Metoda laboratoryjna | |
| Metoda badawcza (dociekania naukowego) |
| Sposoby oceniania | Symbole EK dla modułu zajęć/przedmiotu | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| EK_1 | EK_2 | EK_3 | EK_4 | EK_5 | ||
| Egzamin pisemny | x | x | x | x | x | |
| Egzamin ustny | x | x | x | x | x | |
| Kolokwium pisemne | x | x | x | x | ||
| Raport | x | x | x | |||
| Kryteria oceniania wg skali stosowanej w UAM | |
|---|---|
| bardzo dobry (bdb; 5,0): | 91%-100% |
| dobry plus (+db; 4,5): | 81%-90% |
| dobry (db; 4,0): | 71%-80% |
| dostateczny plus (+dst; 3,5): | 61%-70% |
| dostateczny (dst; 3,0): | 51%-60% |
| niedostateczny (ndst; 2,0): | 0%- 50 |
Literatura
Wydawnictwa książkowe
- 1. Subrata Pal: Fundamentals of Molecular Structural Biology, Academic Press, , 2019
2. Genowefa Ślusarek: Biofizyka molekularna, PWN, , 2021
Nakład pracy studenta i punkty ECTS
| Forma aktywności | Średnia liczba godzin* na zrealizowanie aktywności | |
|---|---|---|
| Godziny zajęć (wg planu studiów) z nauczycielem | 60 | |
| Praca własna studenta: | ||
| Przygotowanie do zajęć | 20 | |
| Czytanie wskazanej literatury | 15 | |
| Przygotowanie pracy pisemnej, raportu, prezentacji, demonstracji, itp. | 15 | |
| Przygotowanie projektu | ||
| Przygotowanie pracy semestralnej | ||
| Przygotowanie do egzaminu / zaliczenia | 30 | |
| SUMA GODZIN | 140 | |
| LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU | 5 | |
* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut